Bij de kokkelvisserij is sprake van uiterst geringe bijvangsten. Daarnaast is uit wetenschappelijk onderzoek gebleken dat de sterfte van bodemdieren in het spoor van de kokkelkor (lees meer over de werking hiervan) opvallend laag is Voor de meeste soorten is de overleving groter dan 90 procent.

Mensen eten kokkels, maar vogels ook. Om deze laatste groep door de moeilijke wintertijd te helpen, is in 1993 besloten om de kokkelvisserij aan banden te leggen (Structuurnota zee- en kustvisserij). De aantallen kokkels verschillen enorm per jaar. Dit komt niet alleen door grote schommelingen in de broedval van de kokkels. Door stormen, koude en ijsgang lopen veel kokkels de kans de winter niet te overleven.

Biologen van het Rijksinstituut voor Visserijonderzoek (RIVO) stellen jaarlijks de omvang van het kokkelbestand vast. Zodra dit cijfer bekend is, vindt er een verdeling plaats tussen vogels en kokkelvissers. Er wordt eerst een hoeveelheid voor de vogels gereserveerd. Daarna krijgen de kokkelvissers hun vangsthoeveelheid of quotum toegewezen. Het komt voor dat in magere jaren maar weinig of helemaal geen kokkels gevist worden.
De kokkelvisserij vindt steeds plaats in dezelfde gebieden. Zodra kokkels weggevist zijn, groeien nieuwe kokkels weer op. Dit wijst erop dat het wegvissen van grote kokkels een positief effect heeft op de vestiging en verdere opgroei van het kokkelbroed.

Controle-apparaat: de blackbox
Vanaf 1992 wordt precies bijgehouden waar kokkelschepen vissen. Een zogenaamde 'blackbox' registreert de visposities. Elk schip heeft zo'n controle-apparaat aan boord. Uit de gegevens van de blackbox blijkt bijvoorbeeld dat jaarlijks niet meer dan 1,5 procent van de Nederlandse Waddenzee wordt bevist. Tellen we alle visgebieden in de periode 1992 - 2000 op dan beslaat het totale beviste oppervlak niet meer dan 6,2 procent van het wad en het totaal bevist deel van de platen minder dan 13 %. (DCI Maritec rapportP01032). Wetenschappers hebben vastgesteld dat in deze gebieden het effect van het kokkelvissen, afhankelijk van de bodemstructuur, tot maximaal één jaar na de visserij waarneembaar is.

Uit de blackbox gegevens blijkt ook dat regelmatig op dezelfde plaatsen wordt gevist. Hieruit kan worden geconcludeerd dat kokkelvisserij de kans op een nieuwe broedval van kokkels niet negatief beïnvloed.