De Nederlandse kokkelvisserij streeft naar een duurzame visserij met een optimale verwevenheid tussen natuur en visserij. De sector laat dan ook regelmatig wetenschappelijk onderzoek uitvoeren naar de gevolgen van de visserij voor de natuurlijke leefomgeving. In de afgelopen jaren is verschillende malen een beroep op o.a. TNO, Rivo en Universiteit van Utrecht gedaan om door natuurbeschermingsorganisaties aangevoerde bezwaren tegen kokkelvisserij kritisch te beoordelen.

Veel aandacht is besteed aan de mogelijke effecten van kokkelvisserij op de ontwikkeling van stabiele mosselbanken.

TNO geeft aan dat storm, vorst en ijsgang bepalende factoren zijn voor het herstel van mossel-banken. Voordat mosselbanken kunnen ontstaan is echter een mosselzaadval nodig. Er zijn geen aanwijzingen dat het vissen op kokkels in het najaar van enige invloed is op de kans op een succesvolle mosselzaadval in die gebieden in het voorjaar. Wel blijkt dat mosselzaad ook valt in gebieden waar in voorgaande jaren op kokkels gevist is. Dit mosselzaad kan zich ontwikkelen omdat niet wordt gevist in gebieden waar mosselzaad ligt, omdat zulks verboden is in het visplan. Bovendien zou de kokkelvangst door het vele mosselzaad niet kunnen worden verwerkt.

De huidige vistechnieken zorgen voor een bepaalde beroering van de bodem, maar berekeningen wijzen uit dat de hoeveelheid door de kokkelvisserij in één seizoen opgewerveld bodemmateriaal minder dan één procent is van wat van nature bij een flinke storm in beweging wordt gebracht. (Universiteit van Utrecht / Rivo).

Overigens deelt de sector de mening van de milieubeweging dat de Waddenzee tot de belangrijkste natuurgebieden van ons land behoort. De sector gelooft echter meer in een open discussie met alle betrokken partijen om visserij en natuurbehoud in de verschillende gebieden naast elkaar te laten voortbestaan.

Visplannen
Jaarlijks stelt de Producentenorganisatie van de Nederlandse Kokkelvisserij, waarbij alle vissers zijn aangesloten, een plan op hoe dat jaar wordt gevist. Dit plan, dat de goedkeuring behoeft van de overheid, bevat gegevens over het aantal deelnemende schepen, het aantal visuren, spreiding van de vloot, gebruik van de blackbox, aanvullend gesloten gebieden, extra capaciteits-beperkingen enz.

Maar ook al vist de kokkelvloot veel minder intensief dan voorheen, de natuur zelf kan altijd roet in het eten gooien, daar waar het gaat om het streven naar herstel van de natuurlijke waarden. Bovendien zijn er nog diverse andere factoren die van negatieve invloed kunnen zijn op de duur van het herstel. Dat het succes van de kokkelvisserij in grote mate afhankelijk is van de natuurlijke productie, lijdt geen twijfel.

Daarom ook is de kokkelvisser gebaat bij een gezond ecosysteem. Geen enkele bedrijfstak ter wereld is zo afhankelijk van de grillen van de natuur als de visserij en dat beseffen vissers maar al te goed.

Beheersplan
De kokkelvissers en mosselkwekers hebben in 1993 vrijwillig afspraken gemaakt met de natuurbeschermingsorganisaties en deze vastgelegd in het Beheersplan Kustvisserij. In 1998 is opnieuw een beheersplan geschreven waarin met de resultaten van het onderzoek uit de periode 1993-1997 rekening is gehouden.
Afgesproken is ook dat gebieden met oude mosselbanken en zeegrasvelden niet bevist zullen worden. Gebieden waar maar enigszins de kans bestaat dat mosselbanken of zeegras zich zou kunnen ontwikkelen, zijn eveneens gesloten voor de kokkel- en de mosselzaadvisserij.

De kokkelvissers, verenigd in de Producentenorganisatie voor de Nederlandse kokkelvisserij (PO kokkels) zijn nog veel verder gegaan. In een Convenant is onderling overeengekomen de vangstcapaciteit fors te beperken.
Zo is bijvoorbeeld besloten om nog maar met één in plaats van twee vistuigen per vergunning te vissen. Houders met meer dan een vergunning zijn verplicht 2 vergunningen op een vangstschip te plaatsen, waardoor het aantal schepen is verminderd van 37 naar 23.